Фамилия Стафий — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем исходную точку, но спорим о пути. В основе лежит имя Стахий (греч. Stachys — «колос»). В православных святцах это имя носит апостол от семидесяти, и в церковной среде оно было известно. Однако в народном быту греческое «х» часто переходило в «ф» (сравните: Хома — Фома, Христос — в диалектах «Фристос»). Так Стахий превратился в Стафия.

Суффикса в фамилии нет — она бессуфиксная, образована напрямую от личного имени. Это указывает на её возможное украинское или белорусское происхождение. В русской традиции крестьянину дали бы отчество «Стахиев» или «Стафиев», а вот в западнорусских землях фамилии часто застывали в форме самого имени или прозвища. Человек по прозвищу Стафий — это, скорее всего, выходец из крестьян или мещан, которого в документах записали просто по имени деда или отца, без добавления типичного русского -ов.

Вторая, менее вероятная версия — что Стафий это не имя, а прозвище от южнорусского диалектного «стафить» (медлить, копаться). Но она слабая: глагол редкий, а имя Стахий в календаре есть, что делает церковную версию основной.

Географически фамилия тяготеет к западным областям бывшей Российской империи: современная Украина, юг Беларуси, а также Молдавия, где греческое влияние через церковь было сильным. Встречается она редко, поэтому носителю фамилии стоит искать корни не в центральной России, а в Черниговской, Киевской или Подольской губерниях.

Однокоренные собратья — Стахиев, Стахов, Стаховский — встречаются чаще. Стафий же остался архаичной формой, сохранившей звучание живого, некабинетного произношения имени.