Фамилия Стефутин — редкий пример того, как имя, казавшееся общеевропейским, приобрело совершенно русское звучание благодаря суффиксу. В основе лежит каноническое имя Стефан (от греческого «стефанос» — венок, корона). В русском языке оно прижилось в форме Степан, но в южных и западных регионах, а также в среде духовенства и старообрядцев, сохранялся исходный вариант Стефан. Фамилия Стефутин образована не напрямую от полной формы, а от уменьшительно-ласкательного Стефута — так в быту могли называть Стефана в семье или в узком кругу.

Ключевая особенность — суффикс -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — Стефутин, то есть сын, потомок или человек из рода Стефуты. Это типичная «патронимическая» фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде, где отчество закреплялось за детьми и внуками как родовое прозвище. В отличие от фамилий на -ов (Степанов), форма на -ин чаще встречается в северных и центральных губерниях России, а также в среде однодворцев.

Сама основа Стефута любопытна тем, что в ней соединились два уменьшительных суффикса: -ут- (как в именах Мишута, Ванюта) и -ин- в окончании. Такая двойная «ласкательность» — признак того, что имя бытовало в живой речи, а не в официальных документах. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель Стефан → Стефута → Стефутин описывается как характерная для восточнославянской антропонимии, но сама фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении.

Носители фамилии Стефутин, скорее всего, происходят из регионов, где имя Стефан не вытеснялось формой Степан — это могла быть территория современной Украины, Беларуси или юга России, где сказывалось влияние греческой и церковнославянской традиции. Встречается фамилия и у потомков духовенства: священники нередко сохраняли в быту полное имя Стефан, а их дети получали фамилии от уменьшительных форм, чтобы отличаться от многочисленных Степановых.

Других версий происхождения, кроме как от имени Стефан, у этой фамилии нет — корень прозрачен, а суффиксальная модель типична. Если искать однокоренные параллели, то Стефутов, Стефунин, Стефанов — все они восходят к тому же источнику, но Стефутин выделяется именно редким и «домашним» суффиксом, который в XIX веке почти не давал фамилий в больших городах.