Фамилия Стефутушкин — редкая и сложная по составу, её разбор требует внимания к каждому элементу. Основа здесь — имя Стефан (в просторечии Степан, Степа, Стефута), что сразу указывает на происхождение от крестильного имени. Но цепочка словообразования необычна.

Суффикс -ушк- в русских фамилиях обычно уменьшительно-ласкательный (дедушка, Ванюшка), но в фамилиях он редко выступает как главный формант. В данном случае мы имеем тройную суффиксацию: от имени Степан образовали форму Стефута (усечение + суффикс -ут-), от неё — Стефутка (с суффиксом -к-), затем Стефутушка (с суффиксом -ушк-), и уже от этой формы — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин: «чей?» — Стефутушкин, то есть «сын Стефутушки». Такая многоступенчатая модель характерна для северных и сибирских говоров, где любили сложные уменьшительные формы.

Географически фамилия, скорее всего, происходит из регионов, где имя Стефан произносили с фрикативным «ф» вместо «п» — это юго-западные и белорусские говоры, а также старообрядческие общины. Форма «Стефута» встречается в украинской и польской ономастике, но суффикс -ушкин — русский. Вероятно, фамилия возникла на стыке культур: носитель мог быть выходцем из западнорусских земель, переселившимся в центральную или северную Россию.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования не описаны отдельно, но модель «имя + -ута + -ушка + -ин» — исключительно редкая. Фамилия не могла возникнуть раньше XVII века, когда закрепился обычай передавать отчество по отцу. Сословно — почти наверняка крестьянская или мещанская: сложные уменьшительные формы в дворянской среде не приживались.

Единственная версия, которая могла бы быть альтернативой, — связь с диалектным словом «стефута» (не зафиксировано в словарях), но она не выдерживает критики: все элементы фамилии прозрачно выводятся из имени.