Фамилия Стефутушкина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а сложное прозвище, почти застывшая фраза. Если разобрать её на части, получится: Стеф-у-тут-ушк-ин-а. В центре — имя Стефан (в народной форме Стеф, Стеха), а вот «утут» — это искажённое «у тёти». То есть прозвище Стефутут (или Стефа у тёти) могло означать «Стефан, который живёт у тётки», «Стефан, воспитанник тёти». Суффикс -ушк- уменьшительный, он добавляет ласкательный оттенок к прозвищу: не просто «у тёти», а «у тётушки». Получается, что Стефутушка — это человек, которого ласково называли «Стефа, что у тётушки».

Такая модель образования — от прозвища, построенного по схеме «имя + указание на место жительства или родство» — характерна для русских фамилий, но обычно встречается в более простых формах вроде «Иванов» или «Петров». Здесь же прозвище сложилось в целую фразу, что встречается нечасто и указывает на бытовую, разговорную среду, где фамилия возникла не в канцелярии, а в устном обиходе. Суффикс -ин- указывает на принадлежность: «чей?» — Стефутушкин, то есть сын или потомок Стефутушки.

Женская форма Стефутушкина — это, скорее всего, вариант от мужской Стефутушкин, закреплённый за женщиной по документам. Фамилия почти не встречается за пределами центральной России и, вероятно, имеет локальное происхождение — в одной деревне или уезде. Никакого отношения к знатным родам или дворянству у неё нет: это крестьянская фамилия, возникшая из живого прозвища, которое когда-то точно описывало конкретного человека.