Фамилия Станоткин образована по редкой для русского языка модели. В ней сочетается суффикс принадлежности -ин и характерная для прозвищ основа, оканчивающаяся на -отк-. В подавляющем большинстве русских фамилий на -ин основа оканчивается на -а или -я (Иванов → Иванин, Кузьма → Кузьмин). Форма на -отк- (Станотка) — это нестандартное, скорее всего, прозвищное имя, которое и легло в основу.

Само прозвище Станотка, вероятнее всего, восходит к слову «станок». В русских говорах у этого слова несколько значений. Самое очевидное — ткацкий станок, на котором ткали полотно. В этом случае Станоткой могли прозвать ткача или мастера, работавшего на станке. Менее распространённая версия отсылает к значению «стан» — место стоянки, лагерь, либо к «становище» — месту временного проживания. Тогда прозвище могло получить пришлый, оседлый человек или тот, кто жил на отшибе, на «стану». Есть и третье, более узкое значение: в некоторых регионах «станок» — это токарный станок или приспособление для ковки. Но для фамилии с суффиксом -отк- первая версия — с ткачеством — выглядит наиболее органично: прозвища по ремеслу часто принимали уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму (ср. Кузнец → Кузнецов, но Ткач → Ткачов, а не Ткачовка).

Фамилия Станоткин — редкая. Она почти не встречается за пределами центральных и северных областей России, где была развита домашняя ткацкая промышленность. В переписных книгах XVII–XVIII веков её нет, что указывает на её позднее происхождение — скорее всего, XVIII–XIX век, когда крестьяне, получившие фамилии, фиксировали не род занятий, а прозвище, данное в деревне. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Станов, Станков, Станкевич), то Станоткин стоит особняком: суффикс -отк- придаёт фамилии более «деревенский», бытовой оттенок, чем, скажем, фамилия Станков, образованная от той же основы, но по более стандартной модели.

Таким образом, предок носителя фамилии Станоткин — скорее всего, крестьянин-ткач, получивший в своей среде прозвище Станотка за работу на ткацком стане. Фамилия закрепилась за его потомками в форме притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Станоткин.