Фамилия Стапакова — женская форма фамилии Стапаков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Стапак. В русской ономастике это редкий случай, когда корень не лежит на поверхности и не выводится напрямую из распространённого имени или профессии.

Скорее всего, Стапак — это обиходная форма крестильного имени Степан (от греч. «стефанос» — венок). В народном произношении имя Степан могло звучать как «Стёпа», «Степа», а суффикс -ак указывает на лицо (сравните: простак, чудак, добряк). Таким образом, Стапак — это «человек по имени Степан», то же, что и Степанов, но образованное по другой, менее продуктивной модели. Подобные фамилии с суффиксом -ак (Стапаков, Третьяков, Пятаков) характерны для северных и центральных областей России, где такие прозвища бытовали до XVII века.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «стапать» — ступать, шагать. Тогда Стапак — прозвище человека с тяжёлой походкой, медлительного. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол «стапать» почти не зафиксирован в источниках как основа для личных прозвищ.

Фамилия Стапакова не относится к числу дворянских или старых боярских. В ревизских сказках и переписях XVIII–XIX веков её носители — преимущественно крестьяне и мещане из Тверской, Ярославской и Вологодской губерний. Встречаемость фамилии невысокая, что делает её хорошим маркером конкретной семейной истории: предки Стапаковых, скорее всего, жили компактно в одной местности и не мигрировали далеко от места, где когда-то записали Степана как «Стапака».