Фамилия Стефоненко — редкий случай в ономастике. Она образована по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках закрепился в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России как показатель «чей сын» или «чей потомок». Основа здесь — Стефон, народная форма крестильного имени Стефан (от греч. «стефанос» — венок, корона). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог, как и у большинства фамилий на -енко.

В отличие от частого Степаненко (от русифицированного Степан), Стефоненко сохраняет более архаичный, церковнославянский вариант имени — Стефон. В украинских говорах и в южнорусских диалектах такая форма встречалась, но не стала массовой. Поэтому фамилия осталась штучной: её носителей по России и Украине — единицы, в основном на юге Черноземья и в бывшей Екатеринославской губернии.

Словообразовательный разбор прост: Стефон (личное имя) + -енко (патронимический суффикс). Изначально фамилия означала «сын Стефона» или «потомок Стефона». Никаких дополнительных прозвищ или ремесленных корней здесь нет — перед нами чистый патроним, который со временем закрепился как наследственная фамилия. Сословно предки могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами: патронимы на -енко в XVII–XIX веках покрывали все слои украинского населения.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, насколько редок вариант Стефоненко. Степаненко встречается в десятки раз чаще, Стефаненко — тоже редкость, но не такая крайняя. А вот Стефоненко — своего рода лингвистический артефакт: он законсервировал ту форму имени, которая в живом языке почти исчезла. Если вы носите эту фамилию, то, с высокой вероятностью, ваши предки происходят из мест, где местный говор или церковная традиция удерживали старую форму Стефон, тогда как соседи уже перешли на Степан.