Фамилия Стефонова — женская форма фамилии Стефонов. Её основа, как ни странно, не связана напрямую с древнегреческим словом «стефанос» (венок, корона). Чаще всего её путают с фамилией Стефанов, образованной от имени Стефан (русский вариант — Степан). Но в случае со Стефоновым мы имеем дело с иной словообразовательной моделью: суффикс -ов- присоединился не к имени, а к прозвищу или отчеству, которое уже содержало корень «стефон».

Вероятнее всего, в основе лежит просторечная форма имени Степан — Стефон. В русских говорах, особенно на юге и в центральных областях, имя Степан нередко произносили как «Стефон» (ср. «Егор» и «Егор» — «Егор»). От этой обиходной формы и пошло отчество Стефонович, а затем и фамилия Стефонов. Таким образом, Стефонова означает «дочь (или жена) Стефона», то есть потомка человека, которого в быту звали не Степаном, а именно Стефоном.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с прозвищем Стефон. В диалектах слово «стефан» или «стефон» могло означать «упрямец» или «человек с тяжёлым характером» (от глагола «стефанить» — капризничать, упрямиться). Однако эта гипотеза слабее: документальных подтверждений такого прозвища в исторических источниках почти нет, в отличие от обиходных форм имени.

Фамилия Стефонов (и Стефонова) встречается редко. По данным переписей, она зафиксирована в основном в южнорусских регионах — в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также среди казачества. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где просторечные формы имён были нормой, а не исключением. В дворянских или купеческих родах такая фамилия почти не встречается — она скорее крестьянская или мещанская.

Если сравнивать с однокоренными: Степанов — самая частая форма, Стефанов — книжная, церковная, а Стефонов — самая редкая, народная, «обкатанная» живым произношением. Именно эта нестандартная огласовка и делает фамилию ценной для историка языка: она сохранила звучание, которое в официальных документах обычно заменяли на литературное «Степан».