Фамилия Стенипанин — редкий случай, когда написание почти полностью сохраняет звучание исходного прозвища. Её основа — не имя и не профессия, а бытовое прозвище Стенипана, которое, скорее всего, дали человеку, жившему «стеной» или рядом с ней. В говорах «стенипаной» могли называть того, кто постоянно стоит у стены, прячется в тени или, наоборот, работает с каменной кладкой — строитель, каменщик. Но куда вероятнее, что прозвище возникло из-за особенности поведения: так могли прозвать нелюдимого, застенчивого человека, который держался в стороне, «прижимался к стене» во время гуляний или сходок.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Стенипанин буквально значит «сын Стенипаны» или «из семьи Стенипаны». Форма на -ин характерна для северных и центральных областей России, где от прозвищ на -а образовывали именно такие фамилии. Если бы прозвище звучало как Стенипан, фамилия стала бы Стенипанов — но сохранение конечного -а в основе говорит о том, что прозвище было именно женского или уменьшительно-ласкательного типа (сравните: Гриша — Гришин, Савва — Саввин).

Само слово «стенипана» — диалектное, не зафиксированное в литературном языке. Возможно, это местное переосмысление слова «стенопан» (от «стена» и «пан» — в южнорусских говорах «пан» означало господина, хозяина). Тогда Стенипана — ироничное прозвище «стенного хозяина», то есть человека, который «владеет» стеной, сторожит её или живёт за ней. В любом случае, фамилия Стенипанин — продукт народной этимологии, где звучание важнее книжной нормы.

Встречается фамилия крайне редко, преимущественно в записях XIX века по Тверской и Псковской губерниям. Там же можно найти и вариант написания «Стенипанов», что подтверждает нестабильность окончания в устной речи. Носители Стенипанина, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а само прозвище — не оскорбительным, а бытовым, описывающим внешность или привычку. Точных сведений о дворянском происхождении нет — фамилия явно низовая, простонародная.