Фамилия Столинин — редкий пример отчества второго порядка, то есть «внучатости». Если разложить эту цепочку, получается: Столинин — сын Столина — внук Столи. Такая модель встречается нечасто: большинство русских фамилий остановились на первой ступени (-ов, -ин), а двойное притяжательное окончание закрепилось лишь за некоторыми родами. Поэтому носитель фамилии Столинин может проследить свою родословную как минимум на три поколения глубже, чем обладатель обычной фамилии на -ин.

В основе фамилии лежит прозвище Столя, которое восходит к нарицательному «стол». В древнерусском языке это слово имело более широкий смысл, чем сейчас: столом называли не только предмет мебели, но и княжеский престол, трон, а также место, где сидел глава рода или хозяин дома. Прозвище Столя могло закрепиться за человеком по разным причинам: либо он был плотником, делавшим столы, либо занимал видное место за столом — например, был старшим в семье или старостой, либо получил имя по месту жительства, если его дом стоял у большого стола-настила для общих трапез.

Суффикс -ин в первой ступени (Столин) указывает на принадлежность: «сын Столи». Затем к этому отчеству добавили ещё один суффикс -ин, и получилось «внук Столи». Такая двойная суффиксация характерна для северных и сибирских говоров, где подобные формы встречались чаще, чем в центральной России. В переписях XVII–XVIII веков можно найти аналогичные примеры: Ивашинин (внук Иваши), Петровнин (внук Петровны), что подтверждает живую народную традицию такого словообразования.

Интересно, что фамилия Столинин не имеет отношения к слову «столица» или «столичный». Это народное, «деревенское» образование от бытового прозвища, а не книжное или семинарское. В духовных училищах фамилии давали от латинских и греческих корней, а здесь мы видим чисто русскую основу, что говорит о крестьянском или посадском происхождении рода.

Стоит упомянуть и вариант написания: в старых документах фамилия могла писаться как Столинин, так и Столинын, через «ы», что отражает диалектное произношение. Позже написание унифицировалось, но в архивных записях XIX века оба варианта встречаются. Сегодня фамилия редкая, её носители рассеяны по разным регионам России, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён: такие прозвища не были привязаны к конкретной местности и могли возникнуть независимо в разных семьях.