Фамилия Столитенко в основе своей имеет прозвище Столит. Это краткая, народная форма от «Столет» — так в старину могли назвать пожилого человека, прожившего долгий век. Однако более правдоподобной выглядит версия, что это прозвище давали не старику, а младенцу. Родители, желая новорождённому долгой жизни, могли назвать его Столитом, то есть пожелать «сто лет прожить». Такие имена-пожелания, обереги от ранней смерти, встречались в русской деревне повсеместно, и имя Столит органично вписывается в этот ряд.

Суффикс -енко, присоединённый к основе, — верный признак украинского происхождения фамилии. В Украине такие формы на -енко означали «сын того-то» или «тот, кто из рода такого-то». Первоначально Столитенко — это «сын Столита». Позже прозвище Столит, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а закрепившееся за потомками окончание -енко превратило личное прозвище в устойчивую фамилию.

Интересно, что параллельно в русских землях бытовала фамилия Столетов, образованная по той же модели, но с великорусским суффиксом -ов. Сравнение этих двух фамилий наглядно показывает, как один и тот же корень разошёлся по разным региональным традициям: на севере и в центре России закрепилась форма на -ов, а на украинских землях — на -енко. Фамилия Столитенко, таким образом, — типичный пример южнорусской ономастики, где уменьшительные и патронимические формы на -енко доминировали с XV–XVII веков.

Само слово «столит» в диалектах не зафиксировано как нарицательное, что лишний раз подтверждает: перед нами не прозвище по роду занятий или внешности, а именно личное именование, связанное с пожеланием долголетия.