Фамилия Стороненко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в основном среди казацкой старшины и крестьян Левобережной Украины. Суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», то есть Стороненко — буквально «сын Сторона» или «потомок того, кого прозвали Стороном».

Основа фамилии — прозвище Сторон. В русских и украинских говорах слово «сторона» имело несколько значений, и прозвище могли дать по разным причинам. Самая прямая версия: человека так называли за привычку держаться в стороне, быть отчуждённым или нелюдимым. В диалектах «сторона» означала также «край, местность», поэтому прозвище могло указывать на пришлого человека — «с той стороны», то есть переселенца из другого села или региона. Возможна и более редкая профессиональная трактовка: в некоторых говорах «сторонником» называли человека, жившего на отшибе, на краю поселения, а «стороной» — окольный путь, что могло относиться к извозчику или проводнику, знавшему объездные дороги.

Словообразовательная модель прозрачна: к основе Сторон- прибавлен патронимический суффикс -енко. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Стороне́нко, что типично для фамилий на -енко с корнем из двух слогов. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в великорусских землях, Стороненко — маркер украинского происхождения, особенно частый в Полтавской, Черниговской и Киевской губерниях.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную картину. Стороненко — не единственная фамилия от этого корня. В России встречается фамилия Сторонов — с русским суффиксом -ов, а на Украине — Сторонюк (с суффиксом -юк, характерным для западных областей). Это подтверждает, что прозвище Сторон было достаточно распространено в разных диалектных зонах и дало несколько ветвей фамилий, разошедшихся по региональным моделям.

Сословная принадлежность первых носителей Стороненко могла быть разной. В реестрах казацких полков XVII века встречаются прозвища, образованные от черт характера или места жительства, но без конкретных документальных записей утверждать, что предки были именно казаками, нельзя. Скорее всего, фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде, а в XIX веке закрепилась за разными сословиями. Никаких выдающихся исторических личностей с этой фамилией в широко известных источниках не зафиксировано, что типично для фамилий, не принадлежавших дворянским родам.

Таким образом, Стороненко — патронимическая фамилия украинского происхождения, образованная от прозвища, которое могло указывать на отчуждённый характер предка или на его статус пришлого человека.