Фамилия Стойнова напрямую связана с мужским именем или прозвищем, и её история уходит в славянскую ономастику. Именования, образованные по той же модели, широко представлены у восточных, западных и южных славян: фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. Так и представитель рода Стойновых может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении человека.

Скорее всего, фамилия Стойнова образована от прозвища Стойный. Вероятно, оно ведет начало от прилагательного «стойный», имеющего значения «ценный, дорогой», «достойный, чтимый». Можно предположить, что такое прозвище получил порядочный, добродушный человек, которого уважали и ценили в обществе. Таким образом, прозвище указывает на особенности характера родоначальника Стойновых.

Маловероятно, что фамилия произошла от диалектного «стойна» — «красивая женщина». За основу фамилии традиционно бралось прозвище отца как родоначальника и главы семейства, поэтому фамилии, образованные от женского прозвища, немногочисленны. Они обычно возникали, когда женщина становилась главой семьи в случае вдовства, тяжелой болезни мужа или во время его отсутствия дома из-за долгой службы в армии: во времена рекрутских наборов мужчины были обязаны отслужить 25 лет.

Однако возможно и другое объяснение. Стойно — это вариант мужского имени Стоян, которое в русском быту было весьма редким, зато в Болгарии и Сербии до сих пор распространено очень широко. Имя Стоян имеет славянское происхождение и означает «стойкий, воинственный». Эта версия выглядит правдоподобнее: она объясняет и мужскую основу фамилии, и её южнославянский колорит, который мог попасть в русскую среду через переселенцев или контакты с балканскими народами.

Сведения о представителях фамилии Стойновы содержатся в различных архивных документах. Так, в Книге памяти Хабаровского края упоминается Стойнов Захар Васильевич, родившийся в 1901 году в Киевской области, село Киселевка. А в Книге памяти Новосибирской области записан Стойнов Михаил Константинович, рожденный в 1891 году в Чебоксарах. Эти записи показывают, что фамилия бытовала в разных регионах — от Украины до Сибири, что лишний раз подтверждает её славянские корни и широкое распространение.