Фамилия Стожковы образована от прозвища Стожок — так в старину называли небольшой стог, то есть кладь сена неопределенной меры. Основа фамилии — нарицательное «стог», а уменьшительный суффикс -ок- в прозвище указывает либо на малый размер, либо на ироничное отношение к человеку.

Вероятнее всего, прозвище Стожок закрепилось за тем, кто занимался укладкой сена, — важным и заметным в деревенской жизни делом. Умение сложить плотный, не поддающийся дождю стог ценилось высоко, и мастера этого дела получали уважение и меткие прозвища. Однако нельзя исключать и второй вариант: так могли в шутку называть полноватого, широкоплечего человека, чья фигура напоминала копну сена. Обе версии имеют право на существование, но первая — ремесленная — выглядит более убедительной, поскольку прозвища по роду занятий давали чаще, чем по внешнему сходству.

Сам тип фамилии — с суффиксом -ов- — относится к самым распространенным в русской ономастике: так образовывали фамилии от основ, оканчивающихся на согласный. Форма Стожковы (множественное число) традиционно обозначает весь род, всю семью.

Однокоренные фамилии известны с XV века. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются Стогов Григорий Григорьевич, вотчинник середины XV века из Переяславского уезда, а также Стоговы, жившие там же в XV–XVI веках. Это говорит о том, что прозвищная основа «стог» бытовала в северо-восточных русских землях уже в эпоху формирования фамилий.

Интересно, что форма Стожковы отличается от более ранней Стоговы. В одном случае мы видим основу «стог», в другом — уменьшительное «стожок». Такое варьирование типично для прозвищ: разные ветви одного рода или разные семьи могли использовать разные формы одного корня. Возможно, Стожковы происходят от человека, которого в отличие от других родичей звали именно уменьшительно — Стожком.

О точном месте и времени возникновения фамилии Стожковы говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и прозвище могло закрепиться за потомками в разных регионах независимо друг от друга. Но само существование однокоренных фамилий в Переяславском уезде с XV века позволяет предположить, что истоки рода Стожковых лежат в тех же центральных русских землях.