Фамилия Стожков образована от прозвища Стожок, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «небольшой стог». Стог — это «кладь сена неопределенной меры». Вероятно, так называли человека, который занимался укладкой стогов. Однако нельзя исключить, что прозвище Стожок носило иронический характер и давалось полноватому, широкоплечему человеку. Веселовского упоминаются однокоренные фамилии: Стогов Григорий Григорьевич, вотчинник, середина XV в., Переяславский уезд; Стоговы, XV—XVI вв., Переяславский уезд. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Стожок, со временем получил фамилию Стожков.