Фамилия Стояков — одна из тех, где значение лежит на поверхности, но за простотой скрывается интересная словообразовательная история. Вопреки первому впечатлению, её основа — не глагол «стоять» в прямом смысле, а, скорее всего, прозвище Стояк. В русских говорах так называли человека упрямого, несговорчивого, того, кто «стоит на своём». В словаре В. И. Даля зафиксировано и другое значение — «столб, подпорка, вертикальный брус», что могло относиться к высокому, прямому, крепкому человеку, а иногда и к профессии: так могли прозвать плотника, ставившего опоры, или даже часового на посту.

С точки зрения модели, фамилия образована по самому распространённому в русской ономастике принципу: прозвище + патронимический суффикс -ов. Это значит, что Стояков — буквально «сын Стояка». Фамилия нередкая для центральных и южнорусских областей, но встречается и у болгар, сербов и македонцев, где Стояков — одна из вариаций имени Стоян (от «стоять», «останавливаться»). В славянских языках это имя давали ребёнку, родившемуся после долгого ожидания, в знак того, что он «устоял» в трудной ситуации.

Интересно, что фамилия Стояков могла возникнуть и из крестильного имени, но не напрямую. В святцах такого имени нет, зато есть Стоян — народная форма от Евстафий (греч. «устойчивый, крепкий») или Стахий. В таком случае Стояк — это уменьшительная форма, а Стояков — «потомок Стояна». Обе версии не противоречат друг другу: и прозвище, и имя могли сойтись в одной фамилии. Более правдоподобной выглядит прозвищная, поскольку она объясняет яркую характеристику человека — упрямство или физическую стать.

В документах фамилия встречается с XVII века. В переписных книгах по Рязанскому краю упоминаются крестьяне Стояковы, а в казачьих списках Запорожской Сечи — Стояки, что указывает на бытование прозвища в военной среде. В современной России Стояковы расселены неравномерно: больше всего в Воронежской, Ростовской областях и Краснодарском крае.