Фамилия Стукошин, а значит и женская форма Стукошина, образована от прозвища Стукоша. В основе этого прозвища лежит глагол «стучать», но не в прямом бытовом смысле, а в переносном или профессиональном. Сам суффикс -ош- (как в словах «боло́то» или «хорошо́») в древнерусском языке часто придавал слову оттенок действия или свойства, а в прозвищах — указывал на характерную черту человека. Стукошей могли назвать не просто стучащего, а человека с громкой, уверенной походкой, того, кто «стучит сапогами», или, наоборот, мастера, работа которого сопровождалась стуком: плотника, кузнеца, бочара.

Другая, менее очевидная версия, связывает прозвище с диалектным словом «стук» в значении «шум, гам, суета». В этом случае Стукоша — человек суетливый, непоседливый, либо, напротив, тот, кто задаёт темп, «стучит» в прямом смысле — например, деревенский староста, созывающий народ билом или колотушкой. В говорах северных и центральных губерний слово «стукотать» означало «громко говорить, тараторить», поэтому прозвище могло закрепиться за болтливым или резким в общении человеком.

Модель образования фамилии типична для русских фамилий на -ин: суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на -а/-я. Стукоша → Стукошин. Это указывает на то, что прозвище бытовало в среде, где преобладала именно такая словообразовательная модель — в основном среди крестьян и посадских людей, а не в дворянской среде, где чаще использовали фамилии на -ов/-ев или -ский. Географически фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье, реже — на Урале, что косвенно подтверждает её происхождение от прозвища, а не от иностранного корня.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Стукошин стоит в ряду «ремесленных» и «характерологических» прозвищ. Его однокоренные аналоги — Стукалов, Стуклов, Стукач — тоже указывают на связь со звуком или действием, но Стукошин выделяется именно уменьшительно-ласкательным или, скорее, пренебрежительным оттенком суффикса -ош-. Это не «стукач» (доносчик), не «стукало» (инструмент), а именно человек, получивший прозвище за манеру поведения или занятие, которое в быту называли «стукотать».