Фамилия Стукошин образована от прозвища или нецерковного имени Стукоша. В её основе лежит глагол «стучать», а суффикс -ош- — редкий, но показательный. Он указывает на то, что прозвище было дано не по профессии, а по характерному действию или звуку, который издавал человек. Стукошей могли назвать того, кто громко, часто и навязчиво стучал — например, при работе молотком, при ходьбе (если человек хромал и пользовался тростью) или даже в переносном смысле: надоедливого, назойливого посетителя. Суффикс -ош- (как в словах «сторона — сторониться», «голова — голоша») придаёт основе оттенок просторечия и бытовой характер, что типично для русских неофициальных имён XVI–XVII веков.

Словообразовательная модель проста: к основе Стукош- прибавился фамильный суффикс -ин, который в русских фамилиях закреплялся за основами, оканчивающимися на -а или -я. Таким образом, Стукошин буквально означает «сын Стукоши». Фамилия относится к так называемым «домашним» — тем, что возникали в крестьянской и посадской среде, где прозвище давалось по яркой внешней или поведенческой черте. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных христианских имён, Стукошин сохраняет живую, разговорную основу.

С географической точки зрения фамилия редкая. Она не встречается в центральных губерниях с высокой плотностью населения, но фиксируется в северных и северо-восточных регионах — в Вологодской, Архангельской областях, а также в Приуралье. Это подтверждает, что прозвище Стукоша бытовало в среде поморов и крестьян Русского Севера, где сохранялась архаичная система прозвищ. В XVIII–XIX веках, при массовой паспортизации, такие фамилии часто закреплялись за однодворцами и государственными крестьянами, а не за дворянами.

В ономастических трудах фамилия не получила широкого освещения — она не упоминается в основных словарях Б. Унбегауна и В. Никонова, что говорит о её локальном распространении. Однако по аналогии с однокоренными фамилиями (Стукалов, Стуколкин, Стуков) можно уверенно утверждать, что Стукошин — не искажённая форма иноязычного имени, а чисто русское образование. Спорных версий происхождения у неё практически нет: прозвищная основа с глагольным корнем очевидна.

Единственная деталь, которая может удивить: ударение в фамилии плавающее. В северных говорах оно падает на последний слог (Стукошин), в центральных — на второй (Стукошин). Это связано с тем, что в диалектах прозвище Стукоша произносилось с разной интонацией: в Архангельской области — Стукоша, а в Вологодской — Стукоша. Такая вариативность не редкость для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ош-.

Кем могли быть предки? Скорее всего, мастеровым человеком — плотником, кузнецом, бондарем, чья работа сопровождалась постоянным стуком. Или же человеком с заметной походкой — хромцом, который при ходьбе опирался на палку. В любом случае, фамилия сохранила звуковой портрет предка: его слышали, а не видели.