Фамилия Ступенёк — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не черта характера, а предмет, причём с уменьшительным суффиксом. Это отчество-прозвище, образованное от слова «ступенька» (маленькая ступень). Человек, получивший такое прозвище, мог быть невысокого роста — «ступенёк» как нечто низкое, маленькое. Либо, что реже, прозвище могло относиться к походке: кто-то ходил мелкими, частыми шагами, словно поднимался по ступенькам.

Модель образования проста и прозрачна: основа «ступен(ь)» плюс уменьшительный суффикс «-ёк». Такое оформление встречается в украинской и южнорусской традициях прозвищ (сравните: Ветерок, Корешок), где уменьшительная форма не обязательно указывала на малый возраст, а часто закреплялась как постоянное именование. Сама фамилия застыла в именительном падеже единственного числа, что характерно для украинской ономастики, где фамилии на -ок, -ик, -ук встречаются гораздо чаще, чем в северной России.

Географически Ступенёк — фамилия украинского или южнорусского происхождения. На Украине она могла возникнуть в среде казачества, где прозвища давали по внешним признакам. В России XIX века носители фамилии фиксируются преимущественно в южных губерниях — Курской, Воронежской, Харьковской. Встречается она и у белорусов, но реже.

Интересно, что у фамилии нет варианта с суффиксом -ов (Ступеньков), который бы указывал на принадлежность («чей?»). Исходная форма Ступенёк — это прямое прозвище, которое перешло в фамилию без дополнительной обработки. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться относительно поздно, когда модель «прозвище в именительном падеже» уже была допустима в официальных документах.

В словарях фамилия не описана, но её корень «ступ» родствен глаголу «ступать» и существительному «ступень». В ономастике есть параллели: Ступень, Ступак, Ступин. Ступенёк стоит особняком — он сохранил уменьшительную форму, которая в прозвищах обычно передаёт либо иронию, либо ласку. Скорее всего, прозвище дали невысокому человеку с лёгкой насмешкой, но без злобы.