Фамилия Ступенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот патронимический суффикс, один из самых распространённых в Украине, изначально означал «маленький» или «сын»: Ступенко — сын или потомок Ступы. Но с прозвищем Ступа всё не так однозначно, и тут открывается поле для догадок.

Самая прямая версия — от слова «ступа». В древнерусском языке ступа — это не только тяжёлый предмет для толчения зерна (деревянная или каменная ступка), но и неуклюжий, тяжёлый на подъём человек. Прозвище Ступа могли дать медлительному, грузному мужчине, который «ступает» тяжело, или же тому, кто работал с этой самой ступой — например, мельнику или крупорушнику. Есть и менее бытовая гипотеза: в некоторых говорах «ступа» означала «тюрьма», «темница» (от глагола «ступати» в значении «запирать»). Тогда Ступой прозвали того, кто сидел в остроге или сторожил его — но эта версия менее вероятна из-за редкости такого значения.

Интересно, что фамилия Ступенко почти не встречается в центральных и западных областях Украины. Основной ареал — восточные регионы, особенно Сумщина, Полтавщина и Харьковщина. Там же распространены однокоренные варианты: Ступка, Ступко, Ступак. Ступенко — типичная казацкая фамилия, возникшая в среде реестрового казачества или свободных крестьян, а не шляхты. Никаких дворянских гербов у неё нет, и это нормально: -енко почти всегда указывает на простое происхождение.

Словообразовательная модель проста: основа Ступ- + суффикс -енко. Ударение, скорее всего, на втором слоге: Ступе́нко, хотя в бытовой речи можно услышать и Сту́пенко. В русском языке фамилию не склоняют, если она принадлежит женщине, и склоняют по падежам для мужчин. По документам XVIII–XIX веков Ступенко нередко писали через «о» — Ступонко, что отражает местное аканье, но современное написание закрепилось с «е».