Фамилия Ступинский — типичный пример того, как географическое название превратилось в родовое имя. Её основа — топоним Ступино или Ступин. Таких деревень, сёл и урочищ на карте России немало, особенно в центральных областях. Человек, переехавший из такого места в другой город или регион, получал прозвище Ступинский — «тот, кто из Ступина». Суффикс -ск- в фамилии указывает именно на связь с местностью, а не на принадлежность отцу (как было бы с суффиксом -ов или -ин).

Спорным остаётся значение самого слова «ступино». Самая прямая версия — от глагола «ступить»: Ступа, Ступка, Ступин — так в старину могли прозвать человека с тяжёлой, медленной походкой или того, кто «ступает» основательно, грузно. Это прозвище затем закрепилось за местностью, где жил такой человек, или за его потомками. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «ступа» — деревянное приспособление для толчения зерна или руды. Тогда Ступинский мог быть потомком владельца или работника такой мельницы-толчеи.

В ономастике фамилии на -ский традиционно считались дворянскими или шляхетскими, особенно в западных губерниях Российской империи. Однако Ступинские не относятся к числу известных аристократических родов. Скорее всего, это фамилия позднего происхождения, которую в XVIII–XIX веках мог получить священник или мещанин при поступлении в семинарию или при переезде в город. Семинаристам часто давали фамилии по названиям их родных сёл, чтобы отличать их от других учеников с теми же именами.

Интересная деталь: фамилия Ступинский встречается реже, чем её «однокоренной» вариант Ступин. Это объясняется тем, что суффикс -ин был продуктивнее для крестьянских фамилий, а -ский — для более «книжных» или искусственных. Поэтому Ступинский — признак либо более позднего оформления фамилии, либо того, что предок был человеком служилым или духовного звания. В любом случае, корень у обеих фамилий общий, и восходит он к тому самому прозвищу Ступа или Ступин.