Фамилия Стуйко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на землях Гетманщины, Слобожанщины и Подолья. Суффикс -ко в украинской антропонимии выполнял две функции: он мог быть уменьшительно-ласкательным (от личного имени) или указывать на прозвище человека по какому-либо признаку. В случае со Стуйко перед нами, скорее всего, второй вариант.

Основа фамилии — глагол «стуйкати» или «стюйкати», который в украинских и белорусских говорах означает «стучать», «колотить», а также «громко говорить, кричать». Вероятно, прозвище Стуйко дали человеку с громким голосом, шумному, резкому в движениях или тому, кто работал с грохотом — например, кузнецу, плотнику или мельнику. Есть и более редкая версия: в некоторых диалектах «стуйко» называли упрямого, несговорчивого человека (от «стуй» — стой, как команда остановки). Но она менее правдоподобна, так как для обозначения упрямства чаще использовали корень «сто-» (Стойко, Стоян).

В польском языке есть слово «stójka» — стойка, постоялый двор, и фамилия Stójko (Стуйко) могла бы указывать на владельца такого заведения. Однако для украинской среды эта версия вторична: суффикс -ко в польских фамилиях встречается редко, а в украинских — массово.

Встречается фамилия и в несколько ином написании — Стуйка, что подтверждает её прозвищный характер: в белорусском языке «стуйка» — это тот же стук, шум. Географически фамилия Стуйко сегодня наиболее частотна в западных областях Украины (Львовская, Тернопольская, Ровенская), а также среди потомков украинских переселенцев в Молдове и Румынии. В России встречается редко, в основном как след украинской миграции.

Сословно носители фамилии Стуйко в XIX веке почти всегда были крестьянами или казаками. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это «народная» фамилия, образованная от живого прозвища и закреплённая без изменений.