Фамилия Стюпин — классический пример «отчества-притяжательности», образованного по модели «чей?»: Стюпа + суффикс -ин. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Стюпа. Здесь сразу возникает вопрос: что это за имя? Ответ не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда стоит разобрать две основные версии, не навязывая единственную.

Первая и самая прямая версия: Стюпа — это фонетический вариант слова «степь». В русских говорах, особенно южных и юго-восточных, звук [е] после мягких согласных мог переходить в [’у] (ср. «стюпать» вместо «степать»). Прозвище Стюпа могли дать человеку, жившему в степи, степняку, или тому, кто пришёл из степных краёв. Такое прозвище было бы понятно и естественно для крестьянина из Курской, Воронежской или Саратовской губерний. Фамилия Стюпин, таким образом, географически привязана к южнорусскому ареалу, где степи — привычный ландшафт.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже имеющая право на существование: Стюпа как вариант имени Степан. В диалектах имя Степан (греч. Стефанос — «венец») нередко сокращали до Стёпа, но в некоторых говорах, где «ё» не было или оно заменялось на «ю», получалось Стюпа (ср. «тётя» — «тютя», «свёкор» — «свюкор»). В этом случае Стюпин — то же самое, что Стёпин, то есть «сын Стёпы». Однако эта версия слабее, потому что для имени Степан гораздо чаще фиксировались формы Стёпа, Степаха, Степура, а Стюпа — редкий, почти исключительный вариант, характерный только для узких местных говоров.

Третья, уже совсем маргинальная версия — от слова «стюпа» в значении «ступа» (орудие для толчения). Но здесь мешает фонетика: «ступа» через «у» (а не «ю») и твёрдое «т». Переход «ту» в «тю» в этом слове маловероятен для русских диалектов, поэтому эту гипотезу можно отбросить.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя фамилии Стюпин получил прозвище по месту жительства — в степи. Фамилия довольно редкая, не входит в первую сотню самых распространённых русских фамилий. Встречается преимущественно в средней полосе России, но с заметным тяготением к южным областям. В дореволюционных источниках Стюпины фиксируются как крестьяне и мещане, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён.