Фамилия Сукинсан — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило первоначальный смысл и закрепилось в необычной для русского языка форме. На первый взгляд она кажется сложносоставной и даже заимствованной, однако её механизм — чисто русский, просто нестандартный.

Ключ к разгадке — суффикс -ин, типичный для притяжательных фамилий (ср. Пушкин, Гагарин). Он указывает на то, что перед нами не «сын Суки», а фамилия, образованная от прозвища или имени, которое уже само по себе содержало элемент «сан». В основе лежит тюркское слово «сан» (число, счёт, почёт) или его производные. В русских говорах «сан» могло означать «чин», «достоинство», «звание». Соответственно, прозвище «Сукинсан» — это не «собачий сын» (ошибочное, но ожидаемое прочтение), а сложное прозвище, где первая часть «сук-» — вероятно, искажённое или усечённое имя (например, Сувор, Сулейман) или тюркское слово со значением «вода», «воин». Вторая часть «сан» добавляла значение «почётный», «знатный». Таким образом, прозвище могло означать «почётный (как) Сук» или «водный чин» — нечто вроде прозвища-титула.

Модель образования фамилии — «прозвище + -ин» — в данном случае суффикс приклеился не к корню, а ко всему прозвищу целиком. Это редкий, но встречающийся в русской ономастике приём: фамилия застыла в форме родительного падежа от прозвища Сукинсан. Географически такие фамилии чаще фиксируются в зонах активного русско-тюркского контакта — Поволжье, Приуралье, южнорусские степи. Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком, получившим прозвище за статус или связь с тюркской средой, а не за «собачью» родословную.