Фамилия Султаналиев происходит от составного мусульманского имени Султанали. Это имя склеено из двух арабских корней: «султан» — «властелин, правитель, повелитель, глава государства» и «гали» (в другом произношении — «али») — «высокий, возвышенный, человек высокого звания и достоинства». Смысл получился почти царственный: «высокий правитель» или «повелитель, вознесённый над другими».

Имя Султанали сложилось по типу многих мусульманских имён, где к титулу или сакральному понятию добавляли второй компонент. Здесь второй частью стало имя Али — зятя пророка Мухаммада, особо почитаемого у шиитов. Поэтому имя можно прочитать и как «султан Али», то есть «властелин, подобный Али» или «властелин, отмеченный достоинством Али». Такое имя давали мальчику с надеждой, что он вырастет уважаемым, сильным и достойным человеком.

Сама фамилия образована по русской модели: к восточному имени добавили патронимический суффикс -ев (после мягкого согласного «л»), а затем окончание -ев. Формант -ев указывает на отчество: Султаналиев буквально значит «сын Султанали». Такую схему — восточное имя плюс русский суффикс — массово применяли при оформлении фамилий у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии, когда те входили в состав Российской империи и нуждались в документах.

Встречаются варианты написания: Султаналиев, Султаналеев, а также Султан-Алиев. Последний вариант сохраняет исходное раздельное написание имени, что выдают более позднее происхождение фамилии — когда имя уже воспринимали как два слова. В самой России фамилия редкая, чаще встречается в Дагестане, Чечне, Татарстане и у казахов.

Носители фамилии — потомки людей, носивших имя Султанали. Среди них могли быть как духовные лица, так и сельские старосты, и просто уважаемые главы больших семейств. Точных сведений о каком-либо знатном роде Султаналиевых в открытых источниках нет, и это нормально: большинство таких фамилий возникло не в аристократической среде, а среди обычных крестьян и горожан, чьи имена просто зафиксировали при переписи.