Фамилия Султаналина — одна из тех, что не укладывается в простую схему «от отчества или прозвища». Её основа — составное арабо-тюркское имя Султан-Али. Первая часть, «султан», в арабском означает «власть, правитель», но в составе имён на Кавказе и в Поволжье часто выступала как пожелание или почётный титул. Вторая часть — Али, имя двоюродного брата и зятя пророка Мухаммеда, одно из самых распространённых в исламском мире. Слияние двух имён в одно — распространённая модель у народов, исповедующих ислам: так подчёркивали и знатность (Султан), и религиозную святость (Али).

Формант «-ина» указывает на русскую модель образования фамилии от женской основы. Это значит, что исходная фамилия, скорее всего, звучала как Султан-Алиев (или Султаналиев), а форма Султаналина — это либо вариант, закреплённый за женщиной (жена Султаналина), либо, что вероятнее, фамилия, прошедшая через русскую паспортную систему и получившая «-ин» вместо более ожидаемого «-ев». В документах XIX — начала XX века чиновники часто записывали фамилии на слух, и окончание могло варьироваться.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались тюркские и кавказские традиции именования: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, Чечня. Встречается она и у казахов, и у азербайджанцев. Носительницы фамилии Султаналина — почти наверняка потомки людей, носивших составное имя в честь уважаемого предка или религиозного деятеля. Сословного барьера здесь нет: так могли назвать и сына муллы, и сына зажиточного крестьянина, и представителя кочевой знати.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её ошибочно связывают с титулом «султан» напрямую, но в русской ономастике титулы редко переходят в фамилии без личного имени. Наличие второй части «Али» снимает эту неопределённость: перед нами именно сращение двух имён, а не указание на реальную власть предка.