Фамилия Султаналин — яркий пример тюрко-арабского именослова, адаптированного русской грамматикой. Её основа составная: первая часть «Султан» (араб. «властелин», «правитель») — титул, который в мусульманских именах часто давали как пожелание величия; вторая часть «Али» (араб. «возвышенный», «могучий») — одно из имён Аллаха и имя зятя пророка Мухаммеда, чрезвычайно популярное у мусульман. Соединение «Султан-Али» означает «царь Али» или «Али-правитель» — это двусоставное личное имя, типичное для татарской, башкирской, казахской и кавказской традиций.

Русский суффикс -ин в этой фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Султанали, потомок человека по имени Султанали. Такая модель (тюркское имя + -ин) характерна для фамилий, которые складывались у татар и башкир после вхождения в состав России, когда к родовым прозваниям добавляли русские патронимические суффиксы. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто получали по отцу, -ин мог закрепляться за конкретным родом, особенно в среде служилых татар или крещёных инородцев.

Географически фамилия Султаналин встречается преимущественно в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и среди казахских родов, где имя Султанали сохраняется как личное. Есть версия, что в некоторых случаях фамилия могла возникнуть не от полного имени, а от прозвища Султанали — так могли назвать человека, служившего при султане или выделявшегося властным нравом, но это менее вероятно: составные имена с «Султан» в тюркской среде были настолько распространены, что прозвищная версия кажется избыточной.

Примечательная деталь: ударение в фамилии плавающее. В русской среде чаще говорят СултанАлин (по аналогии с фамилиями на -ин), тогда как в тюркоязычной — СултаналИн (с сохранением ударения на последнем слоге имени). Эта разница выдает пограничное положение фамилии между двумя языковыми мирами. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание «Султан-Алин» или «Султаналеев» — последнее показывает, что некоторые носители пытались адаптировать фамилию под более привычную модель на -ев.