Фамилия Супаев напрямую связана с личным именем Супай — диалектной, «облегчённой» формой старинного мусульманского имени Суюпбай. Такой переход, когда сложное имя сокращается до одного слога, — обычное дело в живой речи: длинное имя проще произнести быстро, и со временем краткий вариант закрепляется за человеком, а потом и за его потомками.

Имя Суюпбай, как и большинство восточных имён, имеет сложную основу. Первая его часть восходит к древнетюркскому слову «суюп», что значит «любимый». Вторая часть — «бай» — в тюркских языках обозначала хозяина, главу рода, богатого и уважаемого человека. Поэтому один из вариантов перевода полного имени звучит как «любимый хозяин» или «любимый господин». Смысл имени — пожелание мальчику, чтобы он вырос достойным, почитаемым человеком, которого любят и уважают окружающие.

Суффикс -ев в фамилии указывает на модель образования, типичную для русской ономастики: так закрепляли принадлежность к роду. Первоначально Супаев означало «сын Супая» или «человек из семьи Супая». Фамилия эта — яркий пример того, как тюркское имя, пройдя через разговорное сокращение, органично встроилось в русскую фамильную систему, сохранив при этом память о древнем кочевом мире со своими представлениями о чести и достоинстве.