Фамилия Суперата — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, не тронутой стандартными русскими суффиксами -ов, -ин или -ский. Она выглядит как «голая» основа, что сразу наводит на мысль об украинском, белорусском или польском происхождении: в этих традициях фамилии нередко оставляли без патронимического окончания. В русских говорах такая модель тоже встречалась, но редко и, как правило, на юге.

Корень «супер-» в этой фамилии не имеет отношения к латинскому super («сверх», «высший»). В славянской народной лексике слово «супера» или «супёра» — диалектное, зафиксированное в псковских и тверских говорах. Оно означало упрямого, своенравного человека, спорщика, того, кто «супится» — хмурится, гнет спину, держится особняком. Глагол «супериться» (или «супириться») — сердиться, капризничать, дуться. Таким образом, прозвище Супера получал нелюдимый или вздорный человек, и оно же легло в основу фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная для западных регионов: связь с польским «sup» — суп, похлёбка. В таком случае Суперата могло бы означать «тот, кто варит суп» или, в переносном смысле, «хлебало», «едун». Однако диалектная основа с «упрямством» выглядит убедительнее — у неё больше живых параллелей в народной речи и меньше натяжек.

Фамилия практически не встречается в массовых справочниках и переписях. Это говорит о том, что она либо локальная (одна-две деревни), либо сильно изменённая при записи. Возможно, первоначально она звучала как Суператов или Суперин, но в документах закрепилась усечённая форма — по ошибке писаря или из-за местной традиции опускать окончание. Носители фамилии сегодня — это почти наверняка потомки одного рода, разошедшегося из небольшого села, искать корни стоит в архивах Псковской или Тверской губерний.