Фамилия Супилин — редкий случай, когда основа слова вызывает больше споров, чем суффикс. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Супилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Супила. Модель образования простая и типичная для русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях, где суффикс -ин вытеснял -ов в прозвищах на -а/-я.

Сложность в корне. Самая прямая версия — от глагола «супить», то есть хмурить, морщить лоб, делать суровое лицо. В диалектах «супила» могли назвать угрюмого, вечно недовольного человека или того, кто часто щурится. В этом случае фамилия — чисто прозвищная, по внешней черте или характеру. Параллели очевидны: Хмуров, Нахмуркин, Суровцев — все из того же смыслового гнезда.

Однако есть и менее очевидный вариант. В некоторых говорах слово «супила» или «супель» означало небольшой ручеёк, протоку, сырое место (ср. диалектное «супесок» — нечистый песок, но это другая этимология). Если предок жил у болотистой низины или у ручья, его могли прозвать Супилой по месту жительства. Такие топонимические прозвища на -ила встречаются реже, но они возможны: например, фамилия Запольский от «за полем», а Супилин — от «у супилы».

Третья, спорная гипотеза — связь с именем Суп или Супоня (от «супонь» — часть конской сбруи, ремень). Но здесь морфология хромает: от «супоня» естественнее было бы «Супонин», а не «Супилин». Поэтому версия с «супить» выглядит надёжнее.

Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается. Основной ареал — юг России (Воронежская, Ростовская области) и Поволжье, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не искусственное происхождение. Сословной привязки нет: Супилины могли быть и крестьянами, и мещанами — фамилия не выдаёт ни знатности, ни духовного звания.