Фамилия Супонько звучит на южнорусский или украинский лад — и это не случайно. Её выдают суффикс -к- (-ко) и характерная основа. В украинской и белорусской ономастике суффикс -ко (и его вариант -енко) образует фамилии от прозвищ или имён, часто с оттенком «сын такого-то» или «человек, связанный с тем-то». Однако Супонько, скорее всего, не патроним (не от имени), а прозвищная фамилия, привязанная к конкретному занятию или бытовой детали.

Корень здесь — «супонь». В русских говорах и украинском языке «супонь» (или «супоня») — это ремень, которым стягивают хомут при запряжке лошади. Соответственно, прозвище Супоня могли дать человеку, который делал такие ремни (шорнику), либо тому, кто умело и туго затягивал супонь, — то есть хорошему вознице или крестьянину, который славился аккуратной упряжью. В словаре Владимира Даля «супонь» описывается именно как часть конской сбруи, а глагол «супонить» означал «стягивать хомут супонью». Таким образом, фамилия Супонько — типичное прозвище по ремеслу или характерному действию, перешедшее в фамилию.

Географически фамилия тяготеет к Украине и югу России. В современных базах данных Супонько чаще всего встречается в Сумской, Полтавской и Харьковской областях, а также в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда переселялись украинские крестьяне. Форма на -ко здесь преобладает, хотя в русских документах XIX века можно встретить вариант Супонев — от той же основы, но с другим суффиксом.

Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного слова «супонь» в значении «упрямый, суровый человек» (от «супить» — хмуриться). Но она уступает первой, так как «супонь» в значении «сбруя» зафиксирована шире и даёт более конкретную бытовую картину. Так что предок носителя фамилии Супонько, скорее всего, имел дело с лошадьми или кожей — был шорником, извозчиком или просто хозяином, который сам управлялся с упряжью.