Фамилия Супоня — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за века. В ней нет типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), поэтому перед нами либо очень древняя форма, застывшая в именительном падеже, либо украинский или белорусский вариант, где такие «голые» фамилии встречаются чаще.

Вероятнее всего, корень здесь — «супонь» или «супоня». В русских говорах супонью называли ремень, которым стягивают хомут у лошади. Соответственно, Супоней могли прозвать человека, который занимался упряжью: шорника, мастера по конской сбруе или просто крестьянина, у которого лошадь была главным кормильцем. Есть и другая, менее распространённая версия: в некоторых диалектах «супоня» — это ворчун или тот, кто «супится» (хмурится). Но связь с конской упряжью выглядит убедительнее, так как прозвища по ремеслу — один из самых частых источников фамилий.

Словообразовательная модель проста: прозвище Супоня (или Супонь) перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Такое часто случалось на юго-западе России, в Беларуси и на Украине, где фамилии на -а, -я, -о не редкость. Например, фамилии Шуля, Гуля, Пономаря — того же типа. Если бы фамилия закрепилась в центральной России, мы бы скорее увидели Супонев или Супонин.

География фамилии сегодня размыта, но чаще всего Супоня встречается в областях, граничащих с Беларусью и Украиной, а также среди потомков переселенцев из этих регионов. Встречается вариант Супонь — он может быть как белорусским, так и польским следом.

Таким образом, предок современного носителя фамилии Супоня с высокой долей вероятности был человеком, чья работа была связана с лошадьми, — шорником, извозчиком или просто крестьянином, который славился умением ладить с конской упряжью. Фамилия сохранила память о ремесле, которое в XIX веке было делом обычным, а сегодня звучит как редкая деталь из жизни крестьянского быта.