Фамилия Сусеева — женская форма, а её основа — мужская фамилия Сусеев. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ев или -ов, и здесь мы видим суффикс -ев, который указывает на принадлежность: «чей?» — Сусеев. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Сусей.

Самая вероятная версия происхождения — от славянского нецерковного имени Сусей или прозвища Сусея. В старину на Руси имя Сусея (или Сусей) было известно, хоть и нечастым. В основе может лежать древнерусское слово «сусе» или «сус» — возможно, краткая форма от имени Сусанна (библейское «лилия»), но для мужского прозвища это маловероятно. Куда правдоподобнее, что корень восходит к диалектному «сус» — так в некоторых говорах называли сырое, болотистое место, либо «сусей» — нелюдимый, хмурый человек. В словарях русских говоров встречается слово «сусея» в значении «ворчун» или «брюзга». Прозвище могло закрепиться за человеком с тяжёлым характером.

Вторая версия — фамилия могла образоваться от тюркского имени Сусай (встречается у татар, башкир), где «су» означает «вода». В этом случае фамилия указывает на этнические корни предка, который носил такое имя, а русификация произошла через добавление суффикса -ев. Однако для чисто русской фамилии эта версия менее распространена.

Географически фамилия Сусеева встречается в Поволжье, особенно в Нижегородской области, Мордовии, Чувашии. Там же зафиксированы однокоренные фамилии — Сусеев, Сусеин, Сусяев. Это подтверждает, что основа была живым прозвищем в среде крестьян и мещан.

Сословно предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилия не дворянская, не книжная, а бытовая, возникшая в среде, где прозвище давали по поведению или местности. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян Сусеевых из Арзамасского уезда.

Таким образом, фамилия Сусеева — это отчество от прозвища, которое, скорее всего, описывало характер человека (ворчливый, нелюдимый) или место его жительства (сырая низина). В любом случае, она не книжного происхождения, а народного, что типично для большинства русских фамилий.