Фамилия Сусой — редкий пример того, как просторечная форма церковного имени закрепилась в фамилии. В её основе лежит имя Сусой, которое возникло как народный, упрощённый вариант канонического имени Сисой. Такое превращение не редкость: в живой речи имена часто «обкатывались» до более удобного звучания, а потом уже от этого нового варианта образовывали фамилию.

Само имя Сисой, по наиболее распространённой версии, переводят с древнееврейского как «шестой» или «беломраморный». В православном календаре это имя связано с двумя почитаемыми святыми. Первый — преподобный Сисой Великий, отшельник, живший в Египте в V веке; его память отмечают 19 июля. Второй — преподобный Сисой, схимник Печерский, подвизавшийся в Киево-Печерской лавре в XIII–XIV веках; его поминают 10 сентября, 11 октября и 6 ноября. Именно эти дни памяти могли определять, кого из мальчиков в крестьянской семье нарекали Сисоем, а в обиходе — Сусоем.

Существует и другая версия происхождения фамилии, но она менее убедительна. Согласно ей, Сусой — это не производное от имени, а самостоятельное прозвище, восходящее к коми слову «сус», что значит «кедр». В таком случае прозвище Сусой могли дать человеку крепкого телосложения, сравнивая его с могучим деревом. Однако эта гипотеза выглядит натянутой: она не объясняет, почему прозвище полностью совпало с уже существовавшей на Руси формой имени Сисой, и опирается на довольно узкую региональную лексику.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Сусой добавили типичный русский суффикс принадлежности, который в данном случае нулевой — фамилия совпадает с самим именем. Такое оформление встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и часто указывает на древность фамилии или её закрепление в среде, где имя не трансформировалось дополнительно.

Судя по форме, фамилия Сусой могла возникнуть в северных или центральных регионах России, где имя Сисой было известно, но в народном произношении давало вариант Сусой. Носители фамилии — потомки тех самых крестьян или посадских людей, которых в XVII–XVIII веках записывали по имени отца без дополнительных изменений. Сегодня фамилия встречается нечасто, но сохраняет прямую связь с древним именем и его православной историей.