Фамилия Сусук — редкий случай, когда основа слова не оставляет сомнений в происхождении: это тюркское заимствование. В татарском, башкирском, казахском и других тюркских языках «сусук» (варианты «сусык», «сусак») означает «водяной», «водный» или «сырой, влажный». Корень «су» — вода, а суффикс «-сык/-сук» придает значение свойства или склонности. Прозвище Сусук могли дать человеку, чья жизнь или работа была тесно связана с водой: рыбаку, лодочнику, перевозчику, мельнику на водяной мельнице, либо тому, кто жил у реки или болота. В переносном смысле так могли назвать и чересчур мокрого, плаксивого или «водянистого» человека — вялого, медлительного.

Фамилия образована без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин, что говорит о её позднем оформлении или сохранении исходной тюркской формы. Чаще всего такие фамилии встречаются у татар, башкир, чувашей, а также у русских в Поволжье и Приуралье, где контакты с тюркским населением были особенно плотными. В русских документах фамилия могла писаться и как Сусуков, с добавлением патронимического суффикса — тогда это означало бы «сын Сусука».

Встречается и альтернативная, хотя и менее вероятная версия: от диалектного русского слова «сусук» — «сосулька» или «капля». Однако тюркская этимология убедительнее и географически шире. Фамилия не принадлежала к дворянским и не фиксируется в старых родословных книгах — это фамилия крестьянская или мещанская, указывающая на ремесло или бытовую черту предка.