Фамилия Свиридоненко — типичный пример украинской модели фамилии, образованной от полной формы имени. Суффикс -енко в украинской ономастике — самый распространённый патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». То есть Свиридоненко — буквально «сын Свиридона». Такая модель была особенно продуктивна в Поднепровье и Левобережной Украине в XVI–XVII веках, когда фамилии на -енко массово закреплялись за казаками и крестьянами.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Свиридон. Это народная, украинская форма церковного имени Спиридон, которое восходит к греческому Spyridon — уменьшительному от spýridion, «корзинка», «плетёная корзина». В русской традиции имя тоже давало фамилии: Спиридонов, Свиридов. Но украинский вариант Свиридон встречается реже, и патроним на -енко от него — ещё более редкий. Интересно, что имя Спиридон было довольно популярно в южнорусских и украинских землях, особенно среди духовенства и крестьянства, но в дворянской среде почти не встречалось.

С точки зрения географии, фамилия Свиридоненко должна быть сосредоточена в центральных и восточных областях Украины — там, где активнее всего шёл процесс закрепления фамилий на -енко: Полтавщина, Черкащина, Киевщина, Сумщина. В России эта фамилия — следствие миграций украинских крестьян и казаков в XVIII–XIX веках, особенно после переселения на Кубань, Дон и в Слобожанщину.

В документах XIX века фамилия могла писаться по-разному: Свиридоненко, Свиридоненков (под влиянием русской патронимической модели на -ов), а также с заменой «и» на «ы» — Свыридоненко. Вариант с конечным -ов встречается у тех, кто попал в ревизские сказки в великорусских губерниях, где приказчики «русифицировали» окончание. Однако корень остаётся неизменным: Свиридон — это и есть ключ к происхождению, и он указывает на предка по имени Свиридон, который, скорее всего, был простым человеком, возможно, казаком или крестьянином.

Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия народная, без герба и сословных привилегий.