Фамилию Тамоников чаще всего выводят из просторечной формы крестильного имени Тамон — одного из вариантов имени Фома (от арамейского «близнец»). В русской народной среде имя Фома переделывали в Хома, Хомон, а в некоторых южнорусских и украинских говорах — в Тома, Тамон. Фамилия образовалась по типичной модели: к основе Тамон добавили суффикс -ик (уменьшительный или указывающий на лицо), затем патронимический суффикс -ов. Таким образом, Тамоников — буквально «сын Тамоника», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно Тамоник.

Суффикс -ик в этой фамилии встречается реже, чем в фамилиях на -ов или -ин, и может указывать на восточнославянское, возможно, донское или украинское происхождение носителей. В некоторых говорах -ик добавляли к именам, чтобы подчеркнуть молодость или принадлежность к младшему поколению: Тамоник — это как «маленький Тамон» или «сын Тамона».

Есть и вторая, менее распространённая версия: основа могла произойти не от имени, а от прозвища Тамон, связанного с глаголом «тамонить» (в диалектах — «медлить», «тянуть»). Так могли прозвать неспешного или нерешительного человека. Однако эта гипотеза слабее: фамилии на -иков от прозвищ с таким корнем почти не фиксируются в исторических документах, тогда как уменьшительные формы от Фомы — обычное дело.

Географически фамилия Тамоников тяготеет к югу России и востоку Украины. В переписях XIX века она встречается в Воронежской и Курской губерниях, а также среди казачества. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -иков упоминается как характерная для фамилий, образованных от уменьшительных имён, но сам Тамон в список не включён — это редкая форма, не попавшая в основные справочники.

В современной России фамилия остаётся малочисленной, но не исчезла: носители живут в Ростовской, Волгоградской областях и в Краснодарском крае.