Фамилия Танекенова — редкая и географически привязанная. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому мужскому имени Танекен. Это имя — сложное: первая часть «тан» (таң) в тюркских языках означает «заря», «рассвет», а вторая — уменьшительно-ласкательный аффикс «-кен» (как в именах Айкен, Жанкен). Таким образом, Танекен — «утренняя заря», «свет зари». Имя могли дать ребёнку, родившемуся на рассвете, или как пожелание светлой судьбы.

Суффикс «-ова» в конце указывает на принадлежность: Танекенова — «дочь (или жена) Танекена». В русской традиции так оформляли женские фамилии от мужских основ, и в данном случае она закрепилась как наследуемая, а не только как отчество. Модель образования типична для фамилий, возникших в среде, где русская административная система фиксировала тюркские имена с помощью стандартных суффиксов -ов/-ев.

Вероятнее всего, фамилия имеет казахские или ногайские корни. Имя Танекен нечастое, но встречается в ономастиконе тюркских народов Северного Кавказа и Западного Казахстана. Географически носители фамилии Танекенова сегодня сосредоточены в Астраханской области России и в приграничных районах Казахстана, что подтверждает её привязку к историческим кочевым маршрутам. Встречается также вариант написания с «ё» — Танёкенова, но он ещё реже и, скорее всего, возник при паспортизации из-за диалектного произношения.

В отличие от более распространённых фамилий на -ин, здесь суффикс -ов указывает на более позднюю или более «канцелярскую» фиксацию: в XIX веке при переписях тюркские имена часто оформляли именно через -ов, а не через -ин, который типичен для славянских прозвищ на -а/-я. Поэтому Танекенова — не славянская по корню, а адаптированная русским делопроизводством тюркская фамилия, где исходное имя сохранило первоначальный смысл, связанный с утром и светом.