Фамилия Табекенова — женская форма, образованная от мужской фамилии Табекенов. Её основа — имя или прозвище Табекен. В этой фамилии сразу заметна нехарактерная для славянской модели суффиксация: здесь нет привычного -ов/-ев или -ин, а есть сложный формант -ен. Такое окончание указывает на тюркское происхождение: в казахском, башкирском, татарском и других языках суффикс -ен (или -кен) часто образует уменьшительные или ласкательные имена от более коротких корней.

Скорее всего, имя Табекен — это производное от тюркского слова «табе» (или «таба»), которое в разных диалектах может означать «сковорода», «плоский камень» либо «подошва». В переносном смысле такое прозвище могло закрепиться за человеком с широкими ступнями, плотным телосложением или за тем, кто занимался изготовлением сковород и другой утвари. Вторая версия, менее правдоподобная, связывает основу с арабским «табиб» (врач), но фонетический переход «биб» → «бек» маловероятен для кочевой среды.

Фамилия Табекенова географически тяготеет к северному и центральному Казахстану, а также встречается у башкир и татар. Это говорит о том, что предки носительницы фамилии были, вероятно, скотоводами или ремесленниками в аулах, где личное имя давали по бытовой примете или занятию. В дореволюционных метриках мужская форма Табекенов фиксировалась редко, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Табеев, Табаков) показывает, что Табекенова стоит особняком: в ней сохранился древний тюркский аффикс, который в славянской среде почти не встречается. Это делает фамилию ценной для ономастики — она прямо указывает на этническую среду и время, когда имя ещё не прошло через русскую грамматику.