Фамилия Таушунаев — редкая и географически привязанная. Её основа — тюркское мужское имя Таушунай, которое, скорее всего, восходит к татарскому «тау» (гора) и «шуна» (устаревшее «сокол» или «хищная птица»). Таким образом, имя могло означать «горный сокол» или «сокол с горы» — образ сильного, зоркого человека, с которым связывали надежды родители. Встречается также вариант сближения с «таушан» (заяц на некоторых тюркских наречиях), но это менее вероятно: прозвище «Заяц» обычно давали по характеру (робкий, быстрый), а фамилия образована от полного имени, а не от прозвища.

Суффикс -ев указывает на русскую модель фамилий, распространённую среди тюркских народов Поволжья и Приуралья. Фамилии на -ев (а не -ин) часто образуются от основ на согласный или от имён, оканчивающихся на -й. Таушунаев буквально означает «сын Таушуная» или «потомок Таушуная». Это типичная патронимическая фамилия, которая закрепилась за родом в XIX веке, когда крестьянам и инородцам массово присваивали фамилии по имени отца.

Самая высокая концентрация носителей фамилии Таушунаев — в Оренбургской области и Башкортостане. Это указывает на башкирские или татарские корни. Скорее всего, предки были тептярями или башкирами-вотчинниками, которые несли военную или ясачную службу. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в деревнях, где жили служилые татары и башкиры, а не в крупных городах.

Интересная деталь: написание фамилии устойчиво — с буквой «у» после «ш». Встречающийся изредка вариант Таушинаев — результат народной этимологии, когда корень «тау» (гора) стали воспринимать как часть слова «тауш» (звук, голос). Но исходная форма именно Таушунаев, что подтверждается старыми переписями. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители, скорее всего, принадлежат к одному или двум родственным родам, разошедшимся по соседним деревням.