Фамилия Тайшибаева — редкий пример, где географический корень побеждает в споре с личным именем. Основа «Тайши» с высокой вероятностью восходит к калмыцкому или монгольскому титулу «тайши» (от кит. тайши — «великий наставник»). В кочевых обществах XVII–XIX веков тайша — это князь, правитель улуса или племенной старшина. Суффикс «-бай» в тюркских и монгольских языках означает «богатый» или «владелец», часто служил усилителем при титулах. Таким образом, «Тайшибай» — это «богатый князь» или «господин-тайша», а фамилия Тайшибаева — «принадлежащая роду Тайшибая».

Модель образования типична для тюркских фамилий: личное прозвище или титул плюс показатель принадлежности. Окончание «-ева» (а не «-ова») указывает на мягкую основу — «Тайшибай» перешло в «Тайшибаев» по русской патронимической схеме, а женская форма закрепилась в документах. Подобные фамилии встречаются среди башкир, татар и казахов, но особенно плотно — у калмыков, где титул «тайша» был официальным вплоть до начала XX века.

Вторая версия, менее вероятная, выводит «Тайши» из арабского «таййиш» (скиталец, бродяга) или персидского «тайш» (стрела). Но для кочевой культуры Поволжья и Приуралья объяснение через социальный статус исторически надёжнее: предок носителя фамилии мог быть не просто зажиточным скотоводом, а реальным улусным правителем, чей титул перешёл в родовое имя.

В современных базах данных фамилия встречается главным образом в Башкортостане, Оренбургской области и среди калмыцкой диаспоры. Написание с «Тай-» (а не «Той-») подтверждает монгольский, а не тюркский источник — в казахском и башкирском «той» означает «праздник», что дало бы фамилию «Тойшибаев» с другим смыслом. Здесь же исходный корень — именно титульный.