Фамилия Темногород — редкий случай, когда перед нами не прозвище, перешедшее в фамилию, а искусственная или книжная конструкция. Она явно сложена из двух основ: «темно-» и «-город». В русской ономастике такие модели почти не встречаются в крестьянской или дворянской среде: людей не называли по тёмному городу. Скорее всего, фамилия возникла в среде духовенства — в семинариях и академиях XVIII–XIX веков будущим священникам часто давали фамилии по библейским, греческим или «красивым» славянским корням, чтобы отличать их от однофамильцев или подчеркнуть благочестие. «Темногород» могло быть калькой с греческого или переводом какого-то географического названия, например, греческого Скотополь или латинского Нигрополис. Другая версия — фамилия могла возникнуть из прозвища человека, жившего в тёмном (лесном, глухом, малоосвещённом) городе или селе, но это менее вероятно: для бытовых прозвищ характерны более простые формы вроде Темнов, Темноговоров или Темносиний.

Суффикс в фамилии отсутствует — это чистая основа, что тоже говорит о её позднем, книжном происхождении. В русской народной традиции фамилии редко обходятся без -ов, -ин, -ский; отсутствие суффикса характерно для искусственных образований, особенно в среде духовенства. Носители фамилии Темногород встречаются крайне редко, в основном в центральной России и на Урале, что косвенно подтверждает семинарское происхождение: выпускники духовных училищ расходились по всей стране. Фамилия не имеет отношения к Тёмному городу как реальному топониму — такого населённого пункта в России не зафиксировано. Скорее всего, предок-семинарист получил эту фамилию за успехи в учёбе или как память о каком-то тёмном, таинственном месте из Священного Писания или житий святых.