Фамилия Тишонкова — женская форма фамилии Тишонков, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем. В основе лежит имя Тиша или Тишоня. Это, скорее всего, не самостоятельное имя, а одна из народных, уменьшительно-ласкательных форм крестильного имени Тихон (от греческого «тихе» — судьба, удача). В русском быту имя Тихон давало целый ряд производных: Тиша, Тишка, Тишоня, Тишутка. Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе «Тишонк» добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Тишонка». Суффикс -к- в основе (Тишонок) указывает на то, что исходное прозвище или имя принадлежало молодому человеку или ребёнку — так называемая «молодёжная» форма имени, характерная для северных и центральных говоров России.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию не с именем Тихон, а с прилагательным «тихий». В этом случае Тишонком могли прозвать спокойного, нешумного, смирного человека. Однако в ономастике принято отдавать предпочтение версии с крестильным именем, так как прозвища на -онок/-ёнок встречаются реже и обычно имеют более конкретную привязку к возрасту или внешности, а не к характеру. Фамилии на -ков, образованные от имён на -онок, характерны для юга России, Украины и Беларуси, но встречаются и в других регионах. Тишонковы могли быть крестьянами или мещанами, фамилия не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству — это «простая» фамилия, возникшая в среде, где имя Тихон было распространено повсеместно.