Фамилия Тхонова — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «тхон-» с понятным значением, поэтому первое, что приходит в голову, — иноязычное происхождение. Скорее всего, фамилия образована от прозвища или имени, которое попало в русскую среду через тюркские или кавказские языки. Например, в осетинском и некоторых тюркских языках есть звукосочетания, близкие к «тхон», которые могут означать «сильный», «крепкий» или быть частью личного имени. Женская форма Тхонова указывает, что исходная мужская фамилия — Тхонов, а это типичная русская модель с суффиксом -ов, добавляемым к основе.

Суффикс -ов в данном случае говорит о том, что фамилия закрепилась в русской среде не позднее XVII–XIX веков, когда массово оформлялись фамилии крестьян и мещан. Если бы фамилия была древнего боярского рода, она скорее имела бы окончание -ский или -ин. Поскольку Тхонова встречается крайне редко, можно предположить, что её носители происходят из небольшой локальной группы, возможно, из регионов Северного Кавказа или Поволжья, где было активно тюркско-русское смешение.

Интересно, что фамилия не имеет параллелей в списках однокоренных русских фамилий — нет, например, Тхонь, Тхонин или Тхонский. Это подтверждает её изолированный характер. Вероятно, предок носителя фамилии получил прозвище Тхон (или Тхона) за какую-то внешнюю черту или особенность поведения, а при переписи населения его записали на слух, исказив исходное слово. В таком случае точное значение восстановить трудно, но ясно, что это не древнее прозвище от ремесла или занятия.

В современной России фамилия Тхонова — большая редкость. Поиск по базам данных показывает единичные случаи, в основном на юге страны. Это не фамилия известных исторических личностей, а скорее семейное имя, сохранившееся в одном-двух родах. Для потомков она остаётся загадкой, которую можно разгадать только через глубокое изучение местной истории и диалектов.