Фамилия Тобота — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, а заставляет выбирать между географией и прозвищем. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, образованная от слова «тобот» или «тобут». В тюркских языках это может означать «сытый», «насыщенный» или, в переносном смысле, «довольный жизнью», «упитанный». Такое прозвище могли дать человеку за его дородность, спокойный нрав или зажиточность. В этом случае фамилия строится по простой модели: основа (прозвище) + окончание -а, характерное для русской адаптации тюркских имён и прозвищ.

Есть и вторая версия, более локальная. В некоторых регионах, особенно в Сибири и на Урале, «тобота» — это диалектное слово, обозначающее неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. Сравните с глаголом «тоботать» — идти тяжело, вразвалку. Если фамилия возникла в русской среде, то её основа — именно такое бытовое прозвище, данное по походке или манере поведения. Суффикса в привычном виде (-ов, -ин) здесь нет: фамилия застыла в форме именительного падежа, что встречается у прозвищных фамилий, особенно в южнорусских и сибирских говорах.

Спор между этими версиями решается просто: фамилия Тобота практически не встречается в центральной России, но фиксируется в Западной Сибири и на Урале. Это склоняет чашу весов в пользу диалектного русского прозвища. Тюркская версия не исключена, но менее вероятна — для тюркских фамилий в русской записи типичнее окончания -ов/-ев (Тоботов). Форма Тобота — более архаичная, прямая запись прозвища, без патронимического суффикса.

Однокоренных фамилий почти нет, что подчёркивает редкость основы. Можно вспомнить разве что фамилию Тоботов, которая могла возникнуть из той же основы, но уже с суффиксом принадлежности. Носители фамилии Тобота — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков из сибирских или уральских деревень, где прозвище закрепилось за родом и передавалось без изменений. Точных сведений о сословной принадлежности нет, но географическая привязка указывает на среду, где фамилии фиксировались поздно и часто в «сыром», нестандартизированном виде.