Фамилия Тоганян — армянская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -ян, одному из самых распространённых фамильных показателей в Армении. Этот суффикс (в древности -янц) указывает на принадлежность к роду: Тоганян — «из рода Тогана» или «потомок Тогана». Основа фамилии — личное имя Тоган (или Тохан), которое в армянском языке может быть уменьшительной формой от имени Торгом (библейский персонаж, родоначальник армян) или же прозвищем, связанным со словом «тог» (арм. «внук»). В любом случае, фамилия строится по патронимической модели: от имени или прозвища отца через суффикс родства.

Искать географическую привязку стоит в Западной Армении (исторические области на востоке современной Турции) или среди потомков выходцев из Киликийского армянского царства. Массовый характер фамилия обрела в XIX веке, когда армянские фамилии на -ян закрепились официально, но как родовая она могла существовать столетиями. В Российской империи после присоединения Восточной Армении фамилию фиксировали по церковным и метрическим книгам, а часть носителей могла русифицировать окончание до Тоганов, но -ян сохранился у большинства.

С точки зрения социального статуса, Тоганяны — это не дворянский род, а скорее крестьянская или ремесленная семья. Среди армян фамилии на -ян несли все сословия, поэтому конкретных занятий предков по одной фамилии не определить. Если имя Тоган было прозвищем, оно могло означать «внучек», «малыш» — так могли называть младшего сына или человека маленького роста. В армянской традиции такие бытовые прозвища нередко переходили в фамилии.

Сегодня фамилия Тоганян встречается в Армении, России, Грузии и в диаспоре (США, Франция, Ливан). В армянской ономастике она не считается редкой, но и не входит в число самых массовых. В русской среде её часто воспринимают как «тюркскую» из-за созвучия с тюркским словом «тоган» (сокол), однако это случайное совпадение — армянское происхождение фамилии доказывается суффиксом и историей бытования.