Фамилия Тогункова — женская форма фамилии Тогунков, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. В центре внимания — корень «Тогун-», который явно не славянского происхождения. Скорее всего, он восходит к тюркским языкам, где слово «тогун» могло означать «сытый», «насыщенный», а в переносном смысле — «довольный», «богатый». В татарском, башкирском, казахском языках есть близкие по звучанию слова, связанные с понятием сытости и достатка. Таким образом, прозвище Тогун мог получить человек зажиточный, упитанный или просто жизнерадостный и всем довольный.

Суффикс «-ов» в основе (Тогун-ков) — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Тогунков, то есть сын или потомок Тогуна. Такая модель образования фамилий была распространена в XVI–XVII веках, когда на Руси активно адаптировали иноязычные прозвища, особенно в пограничных и многонациональных регионах — Поволжье, Приуралье, южные степи. Там тюркские имена и прозвища легко входили в русскую ономастику, обрастая славянскими суффиксами.

Версия о происхождении от календарного христианского имени маловероятна: в святцах нет ничего похожего на Тогуна. Зато можно предположить, что основа «тогун» — вариант тюркского имени Тоган или Тоганбай, означающего «сокол», «хищная птица». В таком случае прозвище могло указывать на острый взгляд, смелость или охотничьи навыки предка. Однако фонетический переход «г» вместо «гх» или «к» в середине слова делает эту версию менее убедительной, чем первая.

География фамилии Тогунковых (и Тогунковых) сегодня сконцентрирована в регионах с исторически смешанным населением — в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане. Это косвенно подтверждает тюркский след. Носители фамилии, вероятно, были выходцами из служилых татар, казаков или крестьян, которые получили прозвище по характерной черте — сытости, достатку или, наоборот, по профессии, связанной с добычей пропитания.

Встречается также вариант написания Тогунков (без «а» в окончании), но женская форма Тогункова — более распространённая в современных базах данных. Разница лишь в окончании, указывающем на пол, а корень и история остаются теми же.