Фамилия Токомбаева — это женская форма фамилии Токомбаев, распространённой у киргизов и, реже, у других тюркских народов Центральной Азии. Чтобы понять её значение, нужно разобрать имя-основу, а не суффикс, который здесь типичен для фамилий советского периода.

В основе лежит мужское личное имя Токомбай (или Токомбай). Оно составное: первая часть — «током», что в киргизском языке означает «прямой», «истинный», а также «сытый» (от слова «ток» — сытость). Вторая часть — «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя Токомбай можно перевести как «истинный богач» или «сытый бай» — пожелание безбедной жизни и честности. В дореволюционной кочевой среде такие имена давали с надеждой на благополучие и уважение в роду.

Фамилия образована по русской модели патронимической фамилии: к основе Токомбай добавили суффикс притяжательности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного «й»). Получилось «Токомбаев» — буквально «сын Токомбая». Окончание -а в женской форме указывает на принадлежность к роду или семье (дочь или жена Токомбаева). Эта модель массово закрепилась у киргизов в 1920–1930-е годы при паспортизации, когда вместо родовых имён и прозвищ всем официально присваивали фамилии на русский лад.

Интересная деталь: фамилия Токомбаева почти не встречается за пределами Кыргызстана и приграничных районов Казахстана. Это типично отантропонимическая (от личного имени) фамилия, без связи с ремеслом или географией. В отличие от многих русских фамилий, которые могли произойти от прозвищ или названий профессий, здесь мы видим прямой перенос имени предка, что характерно для фамилий народов, принявших фамильную систему позже других.

Если верить данным открытых архивов, среди носителей фамилии часто встречаются люди, чьи предки были скотоводами или земледельцами из Чуйской и Иссык-Кульской областей. Но точная сословная история для этой фамилии не прослеживается — в кочевых обществах не было жёсткого деления на дворян и крестьян, поэтому говорить о каком-то одном социальном слое предков не приходится.