Фамилия Токтомбаев — яркий пример того, как русский суффикс «сшивается» с тюркским корнем. Её основа — мужское имя Токтомбай, которое распространено у киргизов, казахов и отчасти у узбеков. Разложить его просто: «токто» (в тюркских языках — «стой», «остановись», «будь устойчивым») плюс «бай» («хозяин», «богач», «господин»). Имя-пожелание: родители желали мальчику стать состоятельным и твёрдым в жизни человеком, которого не сломают трудности.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Токтомбаев, то есть сын Токтомбая. Так фамилия закрепилась в документах в XIX — начале XX века, когда тюркские народы получали фамилии по отцу с добавлением русского патронимического суффикса. Это типично для юга Кыргызстана и южных областей Казахстана, где фамилии на -баев, -баев — одни из самых массовых (сравните: Абдыбаев, Сатыбалдиев, Жолдошбаев).

Интересная деталь: в самом имени Токтомбай есть внутренняя игра смыслов. «Токто» можно перевести не только как «стой», но и как «будь терпеливым», «выжди». В кочевой культуре умение вовремя остановиться и не совершить опрометчивого поступка ценилось не меньше, чем смелость. Поэтому имя не про пассивность, а про осмысленную выдержку — качество будущего бая, главы рода.

Встречаются варианты написания: Токтомбаев (основной) и реже Токтомбайев, где сохраняется конечный «й» основы. В русской паспортной системе закрепился первый вариант, без йотации перед суффиксом.

Сословно фамилия не привязана к аристократии — носителями чаще всего были скотоводы и земледельцы. Однако сам компонент «бай» указывает, что предок, получивший имя Токтомбай, вероятно, принадлежал к зажиточной или уважаемой семье, где могли позволить себе дать ребёнку имя с таким смысловым акцентом.