Фамилия Томниковская — классический пример «географической» фамилии, образованной по модели, распространённой в среде польской и украинской шляхты, а также русского духовенства. Основа здесь — название населённого пункта, скорее всего, Томниково или Томники. Таких деревень и сёл в России несколько — в Костромской, Тверской, Ярославской областях. Суффикс -ск- в сочетании с окончанием -ая указывает на то, что фамилия изначально была притяжательным прилагательным: «из Томников» или «томниковский помещик». Владельческая знать или священники, получавшие фамилии по месту службы, часто оформляли их именно так.

Корень «Томник» неочевиден. Самая вероятная версия — от диалектного слова «томный», которое в северных говорах означало не «усталый», а «тёплый, душный, парной». Томником могли называть сырой, низинный луг или место у реки, где весной стояли туманы — «тома». Второй вариант — от личного имени-прозвища Том, сокращённой формы от Фома (Фома → Тома → Том). В таком случае Томниково — владение человека по имени Том, а Томниковская — фамилия его потомков, перешедших в другое сословие.

Редкость фамилии в том, что она сохранила полную форму прилагательного женского рода. В русской традиции такие фамилии (на -ская) чаще закреплялись за мужчинами как Томниковский, а женский вариант оставался в быту. Если перед вами именно Томниковская, а не Томниковский, это может указывать на то, что фамилия фиксировалась в документах уже в XX веке, когда форма на -ая стала официальной для женщин. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, что подтверждает связь с костромскими и ярославскими говорами, где слово «томный» в значении «душный» было в ходу ещё в XIX веке.